未找到数据集“ebicat37”

问题描述

Snapshot of the Warning message upon reinstalling the package

Snapshot of my error in loading ebicat37 data from "gwascat" package

我是 R 和 Bioconductor 的新手。目前，正在学习关于 Bioconductor 的在线 edX 课程。按照说明，加载“gwascat”包后，尝试加载数据（ebicat37）时，我收到以下消息：

library(gwascat)

gwascat 已加载。使用 makeCurrentGwascat() 提取当前图像。来自 EBI。这个包的数据文件夹有一些遗留的摘录。

data(ebicat37)

警告信息：

在数据（ebicat37）中：未找到数据集“ebicat37”。

问题是什么以及如何纠正错误，因为我需要加载数据（ebicat37）才能使用存储在 GRCh37 中的 GWAS 目录。

我附上了我的会话信息和这个问题：

sessionInfo()
R version 4.1.0 (2021-05-18)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

在新会话中重新安装包后加载数据 (ebicat37) 时也出错。以下是我的错误详情：

> remove.packages("gwascat")

Removing package from ‘C:/Users/USER/Documents/R/win-library/4.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
R graphics engine version 14 is not supported by this version of RStudio. 
The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed.
> if (!requireNamespace("BiocManager",quietly = TRUE))
+   install.packages("BiocManager") 
> BiocManager::install("gwascat")
getoption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories,see '?repositories' for details
replacement repositories:
    CRAN: https://cran.rstudio.com/
Bioconductor version 3.13 (BiocManager 1.30.16),R 4.1.0
 (2021-05-18)
Installing package(s) 'gwascat'
trying URL https://bioconductor.org/packages/3.13/bioc/bin/windows/contrib/4.1/gwasca>t_2.24.0.zip'
Content type 'application/zip' length 35563316 bytes (33.9 MB)
downloaded 33.9 MB
package ‘gwascat’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\USER\AppData\Local\Temp\RtmpcFJOTu\downloaded_packages
Installation paths not writeable,unable to update packages
 path: C:/Program Files/R/R-4.1.0/library
 packages:
 Matrix,mgcv
> library(gwascat)
gwascat loaded.  Use makeCurrentGwascat() to extract current image.
from EBI.  The data folder of this package has some legacy extracts.
> data(ebicat37)
Warning message:
In data(ebicat37) : data set ‘ebicat37’ not found

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

bioconductor gwas r r