来自预制链接矩阵的树状图

问题描述

问题: 在 R 中,我需要绘制一个树状图 + 从以不同语言创建的链接矩阵中切割关联的树。根据数据集的性质,先验处理仅适用于其他语言。所以我需要能够从一个已经确定的链接矩阵在 R 中工作。

我有一个链接矩阵和一个用不同语言创建的相关矩阵。我将两者都保存为 csv 文件,并且可以将其中一个作为数据框读取到 R 中。

我的方法 我想将链接矩阵转换为 R 中的 hclust 对象,以便我可以传递给 as.dendrogram,然后使用 cuttree。

当我运行 as.hclust(df) 时,出现错误:

Error in as.hclust.default(df) : argument 'x' cannot be coerced to class “hclust” Consider providing an as.hclust.data.frame() method

as.hclust 只接受一个 dist、Diana 或 Agnes 对象 我无法成功地将数据框转换为这些对象中的任何一个以继续我的下游分析。

另一种方法是使用相关矩阵,但我没有找到一种方法来回溯物理距离以构建有意义的树状图。

我可以在 Python 中使用 scipy.cluster.hierarchy.cut_tree,但是 remain unresolved 的函数有记录在案的问题,所以我想使用 R。

非常感谢

解决方法

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