如何在使用 Gillespie SSA 模拟开始后初始化状态变量？

问题描述

我一直在尝试使用 R 中的 GillespieSSA 包运行模拟。我的模型有 3 个状态变量，其中 2 个的初始值为 1，最后一个，我想在一个时间步之后初始化模拟的开始。

x0 <- c(Pi = 1,Pj = 0,I = 1)

当使用 deSolve 运行相同的模拟时，这里有人建议我使用事件初始化最后一个状态变量，效果很好！

eventdat <- data.frame(var = "Pj",time = 10,value = 1,method = "rep")
results <- lsoda(N0,TT,Model,p = parms,events=list(data=eventdat),verbose = TRUE)

我尝试在 ssa() 函数中实施相同的策略，但没有成功。

# method = "OTL"; optimised tau leap
TestOutput2 <- ssa(x0,a,nu,parms1,method = "OTL",simName,verbose = TRUE,consoleInterval = 0,censusInterval = 0.1,maxWallTime = 30,ignoreNegativeState = TRUE)
...
Error in ssa(x0,method,events = list(data = eventdat),: 
  unused argument (events = list(data = eventdat))

我怀疑 ssa() 函数无法识别事件，因为 ssa() 是如何实现 tau 跳跃的？也就是说，我想知道是否有人对如何使用 ssa() 函数在模拟开始后初始化一个状态变量有任何想法？

任何帮助将不胜感激！

解决方法

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