使用 GAM 建模平均结果

编程问答 2022-12-26

问题描述

我使用先验选择的解释变量和两个随机效应创建了一个全局 GAM，并在这个全局模型上使用了 R 中 MuMIn 的 dredge() 函数进行模型选择。

mDEG_nb <- bam(deg ~ SE_score + s(ri,bs="ad") + TL + species + sex + season + year + 
                 s(code,bs = 're') + s(station,bs = 're'),family=nb(),data=node_dat,na.action = "na.fail",discrete = TRUE)

我从模型选择表中删除了所有具有 delta AIC

enter image description here

这在我的集合中留下了两个模型，所以我决定进行模型平均。我进行了模型平均并在模型摘要中添加了置信区间并将其导出为 csv。可以在 here 中找到 csv。

DEG_top <- model.avg(get.models(DEG_dredge,subset = delta < 2.0))
DEG_confint <- as.data.frame(round(confint(DEG_top),3))
DEG_ave <- as.data.frame(round(summary(DEG_top)$coefmat.subset,3))
DEG_sum <- cbind(DEG_ave,DEG_confint)
write.csv(DEG_sum,"DEG_sum.csv")

我之前做过模型平均，但只使用 GLMM 而不是 GAMS。看起来您得到多个值而不是平滑项的单个估计。大概是因为在平滑项中没有单一的估计。

解释这个的最佳方式是什么？我应该只在结果中显示参数项吗？在平滑项上呈现模型平均结果的最佳方式是什么？

解决方法

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