问题描述
我正在使用 lmfit 包来拟合我的数据的双指数函数。我首先从 CSV 文件中获取 x 和 y 坐标值并绘制它们。它工作正常。其次，我正在定义一个 double_exponential 函数，并使用 lmfit 包，根据我的数据绘制 double_exponential 函数。 我已经打印出我的 x 和 y 值的长度（长度 = 319）以及它的形状，看看它们是否匹配（319，）。他们是这样！。但我仍然得到一个 'x 和 y 必须具有相同的第一维，但有形状 (1,) 和 (319,) ' 错误。我附上了下面的代码。任何解决此问题的建议都会有所帮助。
xData=[]
yData=[]
for file in files:
basename = os.path.basename(file)
file_name = os.path.splitext(basename)[0]
# print(file_name)
#File_List.append(file_name)
with open(file,"r") as f_in:
reader = csv.reader(f_in)
next(reader)
next(reader)
for line in reader:
try:
float_1,float_2 = float(line[0]),float(line[1])
xData=np.append(xData,float_1)
yData=np.append(yData,float_2)
except ValueError:
continue
xData = np.array(xData)
yData = np.array(yData)
plt.plot(xData,yData)
plt.show()
def double_exp(a,t,T):
return a*np.exp(-t/T)
print(xData.shape)
print(yData.shape)
mod = Model(double_exp)
result = mod.fit(yData,x=xData,a=1,t=1,T=1)
result.plot()
xData=[]
yData=[]
我的回溯错误是：
(319,)
(319,)
C:\ANACONDA\lib\site-packages\lmfit\model.py:968: UserWarning: The keyword argument x does not match any arguments of the model function. It will be ignored.
warnings.warn("The keyword argument %s does not " % name +
---------------------------------------------------------------------------
ValueError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-29-085a1a8ec72a> in <module>
35 mod = Model(double_exp)
36 result = mod.fit(yData,T=1)
---> 37 result.plot()
38
39
C:\ANACONDA\lib\site-packages\lmfit\model.py in wrapper(*args,**kws)
48 @wraps(function)
49 def wrapper(*args,**kws):
---> 50 return function(*args,**kws)
51 return wrapper
52
C:\ANACONDA\lib\site-packages\lmfit\model.py in plot(self,datafmt,fitfmt,initfmt,xlabel,ylabel,yerr,numpoints,fig,data_kws,fit_kws,init_kws,ax_res_kws,ax_fit_kws,fig_kws,show_init,parse_complex)
2115 ax_fit = fig.add_subplot(gs[1],sharex=ax_res,**ax_fit_kws)
2116
-> 2117 self.plot_fit(ax=ax_fit,datafmt=datafmt,fitfmt=fitfmt,yerr=yerr,2118 initfmt=initfmt,xlabel=xlabel,ylabel=ylabel,2119 numpoints=numpoints,data_kws=data_kws,C:\ANACONDA\lib\site-packages\lmfit\model.py in wrapper(*args,**kws)
51 return wrapper
52
C:\ANACONDA\lib\site-packages\lmfit\model.py in plot_fit(self,ax,ax_kws,parse_complex)
1890 fmt=datafmt,label='data',**data_kws)
1891 else:
-> 1892 ax.plot(x_array,reduce_complex(self.data),1893 datafmt,**data_kws)
1894
C:\ANACONDA\lib\site-packages\matplotlib\axes\_axes.py in plot(self,scalex,scaley,data,*args,**kwargs)
1741 """
1742 kwargs = cbook.normalize_kwargs(kwargs,mlines.Line2D)
-> 1743 lines = [*self._get_lines(*args,data=data,**kwargs)]
1744 for line in lines:
1745 self.add_line(line)
C:\ANACONDA\lib\site-packages\matplotlib\axes\_base.py in __call__(self,**kwargs)
271 this += args[0],272 args = args[1:]
--> 273 yield from self._plot_args(this,kwargs)
274
275 def get_next_color(self):
C:\ANACONDA\lib\site-packages\matplotlib\axes\_base.py in _plot_args(self,tup,kwargs)
397
398 if x.shape[0] != y.shape[0]:
--> 399 raise ValueError(f"x and y must have same first dimension,but "
400 f"have shapes {x.shape} and {y.shape}")
401 if x.ndim > 2 or y.ndim > 2:
ValueError: x and y must have same first dimension,but have shapes (1,) and (319,)
解决方法
错误消息会准确地告诉您问题所在：
UserWarning: The keyword argument x does not match any arguments of the model function. It will be ignored.
您为 x=xData 方法提供了 fit 的值，但您的函数 doubl_exp 不包含此变量。在这里，正如您针对 lmfit 提出的各种其他问题一样，最好的建议是：阅读文档并查看网站上提供的示例。它们可能会覆盖超过 95% 的用例，然后阅读 Python 给您的错误消息总是有帮助的 ;)