问题描述
我想提取 readname 列表，其中一个是唯一映射的，另一个是多映射的。
然而，经过一些尝试和错误，我发现
第一个原料
samtools view -@ 6 XXX.sorted.bam | if grep -q XS:i: ; then awk '{print $0}' ;else:;fi | head
总是这样坏的：
1 28543 1 25M = 29133 615 CTTCAATGCATTCCACAAATACCTA GGAGGIGGGIGGGGIIGGIGIGIGG AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:25 YS:i:0 YT:Z:CP
或者像这样：
AS:i:-6 XS:i:-6 YS:i:0 YT:Z:CP
（即部分 sam 文件）
我怀疑bam文件本身坏了，然后我怀疑
samtools view -@ 6 XXX.sorted.bam| grep CTTCAATGCATTCCACAAATACCTA
但它正常返回
SRR11074254.925964 99 chr1 28543 1 25M = 28926 408 CTTCAATGCATTCCACAAATACCTA GAGGGIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0
是否有任何理由插入“句末”或其他一些工作人员？
先谢谢你，
[修改后的问题]
感谢您的指导和解释。
好的，我重新解释一下情况。 由于原文件比较重，很多工具我都看不懂，所以就简单解释一下。
“samtools view”命令接受 .bam 或 .sam 文件并返回超过 11 个以 \t 作为分隔符的字段。
我想提取带有 "XS:i:" 的行，所以 "grep XS:i:" 和 awk '/XS:i:/' 都可以。
虽然期望每个完整的行都会输出，但出现了一个具有完整字段集的行。
从另一个试验中，我可以理解该行没有损坏，我想知道这是因为 samtools 或 grep 和/或 awk。
grep 或 awk '/' 是否可以部分提取过长的行？ ? 谢谢大家，我明白 grep -q 不适合我的目的。
解决方法
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