测试是否需要Linux环境模块的逻辑

问题描述

我帮助维护一个 R 包，该包自动生成 shell 脚本，以便使用 Slurm 在远程服务器上运行 Rscript。有一个 submit.sh 脚本模板，其中填充了用户在 R 函数中提供的参数。但是，某些系统配置了环境模块，因此在调用 module load R 之前，shell 脚本需要有一行 Rscript。

是否有一些我可以从 R 中执行的逻辑来检测 module load R 是否必要，以便将行 module load R 包含在 shell 脚本中，条件是它是否必要？

链接到我们的 R 包的源代码：rslurm
submit.sh 的模板：submit.sh.txt

解决方法

从 shell 脚本中，您可以检查是否定义了 module shell 函数，然后检查 R 模块是否存在，在这种情况下应该尝试加载该模块：

type module >/dev/null 2>&1
if [ $? -eq 0 ] && module is-avail R; then
    module load R
fi

如果 R 模块已加载，则 module load 命令将不执行任何操作。因此即使 R 模块已经加载，使用它也是安全的。