尝试运行测序分析包ScaleHD时如何避免语法错误

问题描述

我想使用 ScaleHD 来分析一些 Illumina 的三核苷酸重复区域的扩增子测序。

https://scalehd.readthedocs.io/en/latest/index.html

https://pypi.org/project/ScaleHD/

我在 MacOS 中使用 conda 环境并使用 pip install scalehd 安装了 ScaleHD。我想我已经安装了开发人员建议的所有依赖项。但是当我尝试运行它时出现语法错误。

$ ScaleHD -v -c ~/analysis/ScaleHD/config_mf.xml -j "hello_documentation" -o ~/analysis/ScaleHD/output
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/michaelflower/opt/anaconda3/envs/bioinfo/bin/ScaleHD",line 5,in <module>
from ScaleHD.sherpa import main
  File "/Users/michaelflower/opt/anaconda3/envs/bioinfo/lib/python3.6/site-packages/ScaleHD/sherpa.py",line 115
except Exception,e:
                ^
SyntaxError: invalid Syntax
(bioinfo) 

我已经阅读了一些内容，发现 ScaleHD.sherpa 文件如何写入“除外” – What's wrong with my except? 可能存在问题。但我不确定可以做些什么？

我提供了示例 R1 和 R2 fastq 文件、我在此处使用的配置文件和参考文件： https://1drv.ms/u/s!AvBi5ipmBYfrhbRIKPYjfyk5th5uAQ?e=PYdrbG

这是我设置目录的方式：

$ tree analysis/ScaleHD/
analysis/ScaleHD/
|-- config.xml
|-- config_mf.xml
|-- data_dir
|   |-- ciosi41CAG_S4_L001_R1_001.fastq
|   `-- ciosi41CAG_S4_L001_R2_001.fastq
|-- output
`-- ref
    |-- 4k-HD-INTER.fa
    `-- 4k-HD-Reverse.fasta

如果您能帮助我启动并运行它，我将不胜感激。谢谢！

解决方法

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