有些时候我们的程序虽然能够很好的完成安装，但是程序的配置工作可能需要其他的一些程序来辅助完成，如果不执行这些程序，主程序就不能很好的完成工作，甚至不能完成工作，一个很明显的例子是，目前许多程序是通过NET技术开发的，这就要求计算机上必须安装有.net Framework，否则主程序运行不了，只有预先安装了NET Framework后主程序才能得以运行。这个时候可以通过Run段，指定程序完成安装后、在安装程序显示最终对话框之前要执行的程序。
设想有个主程序为ipmsg.exe，初始化程序为init.exe，主程序必须在init.exe运行一次之后方可很好的运行，这个时候可以这样做（这里的init.exe是我随便找的一个文件，和ipmsg没有必然的联系，只是用来演示）：
| DefaultDirName="E:\TEST" AppVersion=1.0 Compression=lzma2/max ShowLanguageDialog=yes
[components] Name: main; Description:"主程序(必选)";Types:full compact custom;Flags: fixed Name: data; Description:"数据文件";Types:full Name: help;Description:"帮助文件";Types:full compact
[files] ;需要打包的文件 Source: "F:\desktop\test\ipmsg.exe"; DestDir: "{app}";Components:main Source: "F:\desktop\test\init.exe"; DestDir: "{app}";Components:main Source: "F:\desktop\test\bin.dat"; DestDir: "{app}";Components:data Source: "F:\desktop\test\help.chm"; DestDir: "{app}" ;Components:help Source: "F:\desktop\test\readme.txt"; DestDir: "{app}";components:help;Flags:isreadme
[run] Filename: "{app}\INIT.EXE"; |
测试上面代码生成的打包文件，运行到最后出现finish之前，将会出现如下画面，后面的安装程序将挂起，等待run段下的程序执行完毕后方可继续运行。
聪明的读者可能已经想到，使用该方法也可以实现readme的功能。这里再谈谈该段的各个参数：
Filename：
该参数是必须的，用于说明需要执行的文件，或者需要打开的文件夹。如果Filename 不是可执行文件(.exe或.com) 或批处理文件(.bat 或.cmd)，你必须在条目中使用shellexec 标记，由上面的代码可知，这个参数可以包含常量。
Description：
仅在[Run] 段有效。这是条目的描述，可以包含常量，如果没有指明，将会使用默认的描述
Parameters：
程序的可选命令行参数，可以包含常量例如有的控制台程序需要传递参数，这个时候就可以使用该参数了，示例如下：
| Filename: "{app}\INIT.EXE";Description:"初始化程序";Parameters:"/t" |
注意：如果你的程序不接受参数，传递的参数将会被忽略。
WorkingDir
程序在哪个目录启动。如果这个参数未指定则使用Filename 参数中的目录。如果Filename 不包含路径，它将使用默认目录。这个参数可以包含常量。
StatusMsg
仅在[Run] 段有效。由于某些程序在执行期间是不可见的（处于安全或者其他原因），但是又不想让用户以为安装程序没有响应，可以通过该参数指定程序执行时显示在向导页的消息，如果这个参数未指定可是空白的，将使用默认的消息“正在完成安装...”。这个参数可以包含常量。例如下例：
| [run] Filename: "{app}\INIT.EXE";Description:"初始化程序"; StatusMsg:"别急，等一下就好" |
则效果如下：
Flags:
这个参数是额外选项设置。多个选项可以使用空格隔开。支持下面的选项:
| 选项 |
说明 |
| hidewizard |
如果指定了这个标记，向导将在程序运行期间隐藏 |
| Nowait |
如果指定了这个标记，它将在处理下一个[Run] 条目前或完成安装前不等待进程执行完成，不能与waituntilidle 或waituntilterminated 组合使用 |
| postinstall |
仅在[Run] 段有效。告诉安装程序在安装完成向导页创建一个选择框，用户可以选中或不选中这个选择框从而决定是否处理这个条目。以前这个标记调用showcheckBox。如果安装程序已经重新启动了用户的电脑 (安装了一个带restartreplace 标记的文件或如果[Setup] 段的AlwaysRestart 指示是yes 引起的)，选择框没有机会出现，因此这些条目不会被处理。 |
| runhidden |
如果指定了这个标记，它将在隐藏窗口中运行程序。 |
| runmaximized |
如果指定了这个标记，将在最大化窗口运行程序或文档 |
| runminimized |
如果指定了这个标记，将在最小化窗口运行程序或文档。 |
| shellexec |
如果Filename 不是一个直接可执行文件(.exe 或.com 文件)，这个标记是必需的。当设置这个标记时，Filename 可以是一个文件夹或任何已注册的文件类型，当使用shellexec 标记时，将不等待，直到生成的进程终止，如果确实需要，则必须添加标记waituntilterminated |
| skipifdoesntexist |
如果这个标记在[Run] 段中指定，如果文件名不存在，安装程序不显示错误消息；如果这个标记在[Uninstallrun] 段中指定，如果文件名不存在，卸载程序不显示“一些元素不能删除”的警告 |
| skipifnotsilent |
仅在[Run] 段有效。告诉安装程序如果安装程序未在后台运行则跳过这个条目 |
| skipifsilent |
告诉安装程序如果安装程序在后台运行则跳过这个条目 |
| unchecked
|
告诉安装程序初始为不选中选择框。如果用户希望处理这个条目，可以通过选取选择框执行，如果postinstall 标记未同时指定，这个标记被忽略 |
| waituntilidle |
如果指定了这个标记，它将在未输入期间等待，直到进程等待用户输入，而不是等待进程终止。(调用WaitForInputIdle Win32 函数。) 不能与Nowait或waituntilterminted 组合使用 |
| waituntilterminated |
如果指定这个标记，将等待到进程完全终止。注意这是一个默认动作 (也就是你不需要指定这个标记)，除非你使用了shellexec 标记，在这种情况下，如果你要等待，需要指定这个标记。不能与Nowait 或waituntilidle 组合使用 |